医院的污水,除一般生活污水外,还含有化学物质、放射性废水和病原体。因此,必须经过处理后才能排放,特别是肝炎等传染病病房排出来的污水,须经消毒后才可排放。无集中式污水处理设备的医院,对有传染性的粪便,必须单独消毒使其无害化。常用消毒剂有漂白粉、液氯、次氯酸钠、臭氧。对含放射性同位素的污水,应按同位素处理要求处理。医院污水在处理过程中,沉淀的污泥含有大量的细菌、病毒和寄生虫卵,须经消毒(常用熟石灰消毒)或高温堆肥后方可用作肥料。